新疆农业大学科学技术学院2002年7月经自治区教育厅批准成立，2004年经国家教育部重新审批确认，为全国首批确认的124所（其中新疆2所）独立学院之一，是实施本科层次普通高等教育的独立学院。学院现有农大东路校区（市沙区农大东路110号，占地84亩）和西山校区（市沙区西山新镇聚安路888号）。其中，西山校区坐落于西山大学城，距离市中心25公里，地处亚心腹地。西山校区建设项目于2014年启动，总体规划面积1560亩，总建筑面积48万平方米；一期校园面积450亩，一期一步建筑面积10万平方米已于2017年9月投入使用；整体建成后可满足15000人办学规模需要。

学院成立以来，积极贯彻落实国家教育部和自治区教育厅有关独立学院设置与管理要求，以“独立地组织实施教学”为原则，推进和完善“学分制”，实行弹性学制和选修制，促进文理交融；实施“按大类设置通识平台，按专业拓展特色教育”的“两段式培养”模式，尊重学生选择，鼓励个性发展；推行“学历证书与职业资格证书相结合”制度，提高学生**竞争力；自主研发“课外计算机网络学习平台系统”，组织课外“网络学习和阅读学习”，应用互联网技术，不断创新“数字化学习资源和工具”，优化智能设备和网络学习环境，培养学生自主学习能力；不断引入“慕课”，积极推进现代信息技术在教育教学中的应用；试行“项目进课堂”、“课程体系与企业标准对接”、“把课堂搬到田间地头”，积极探索产教融合；建立健全“教学督导”、“学生评教”等教学质量监控体系，改进教与学的评价方法。

近五年，学生平均毕业率97.7%，学位授予率97.3%，国家及行业类职业资格证书获得率99.07%；毕业生报考硕士研究生录取率31.2%（其中多人考取清华大学、上海交通大学、西北农林科技大学等高校硕士研究生）。近五年，学生专业技能竞赛累计荣获自治区级以上奖项917人次（50余项），在全国高等院校斯维尔杯BIM软件建模大赛、全国大学生沙盘模拟经营大赛、全国大学生英语竞赛中，多次获全国赛区一等、二等奖。根据自治区人力资源和社会保障厅文件公布，2011年以来，学院连续多年一次**率和年终**率荣登自治区本科院校榜首。2019年初次**率80.48%，年终**率92.05%。建院17年来，学院围绕国家和区域经济社会发展需要，主动适应丝绸之路经济带建设和兵地融合发展趋势，累计毕业学生1.3万人，各民族毕业生遍布全国各地、各行各业。

2018年5-7月自治区教育厅专家组对科技学院新校区建设、办学条件、教学运行情况进行了为期2天的实地检查、评估、验收，专家组现场评估反馈意见：“新疆农业大学科学技术学院是新疆办学规模最大、办学管理最规范、办学效益最好、毕业生**率最高的独立学院”。