蒙医学包括基础理论、蒙药与蒙药方剂、临床各科等几大学科。蒙医基础理论主要研究人体生理、病理、疾病的诊断和治疗原则以及治疗方法等，对临床各科具有指导意义的一门学科。蒙医学理论来源于临床实践，又反过来指导临床实践，并在实践中不断得到充实和发展。